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東京女子医科大学総合医科学研究所（総研）は共同利用施設（本院および足立医療センター、八千代医療センターに設置）、研究部門、解析サービス部門からなる研究および共同利用機関です。

電子顕微鏡、遺伝子解析装置、高速セルソーターなどの大型の機器が設置され、毎年300名以上の学内の研究者がこれらの機器を利用し最先端の研究を行っています。

解析サービス部門では、分子情報解析に基づいて、基礎医学研究と臨床医学研究を有機的に統合し、疾患の分子メカニズム解析とそれに裏付けられた疾患の予防・診断・治療法などの開発を推進する研究部門です。学内外の基礎、臨床各科との共同研究を行いながら、基礎と臨床の垣根を取り去った「橋渡し研究」を進めています。